Lulusan Pesantren Cendekia Mandiri ke depan diharapkan dapat meneruskan studi lanjut ke Perguruan Tinggi Negeri favorit, seperti Universitas Indonesia, Institut Teknologi Bandung, Universitas Gajah Mada, Institut Pertanian Bogor, Universitas Airlangga, Universitas Brawijaya, Institut Teknologi Surabaya, Universitas Padjadjaran, dll), Pendidikan Kedinasan (STAN, STIS, AKMIL dll), serta studi lanjut ke luar negeri, seperti Amerika Serikat, Inggris, Jerman, Australia, Singapura, Jepang, Mesir, Tunisia, Yaman, Maroko, China, Taiwan dll).
Tujuan masa depan para santri adalah menjadi ulama besar yang menjadi panutan umat dan perekat bangsa, menjadi para pemimpin bangsa yang akan menciptakan keadilan dan kesejahteraan bagi rakyat Indonesia, menjadi pengusaha besar yang berkontribusi bagi terwujudnya kesejahteraan bangsa Indonesia, dan menjadi profesional yang berkualitas dan bertanggung jawab.
Proses pembelajaran dilaksanakan sesuai dengan standar sekolah unggulan yang didukung oleh lahan pesantren seluas 20 hektar dan sarana prasarana yang lengkap dan modern berbasis IT, gedung sekolah, ruang tutorial, panggung seni, asrama santri, asrama asatidz, masjid, aula, laboratorium, lapangan olah raga, ruang makan/kantin santri, lahan praktik agrobisnis dan entrepreneurship, pertanian, peternakan, perikanan, dan perkebunan.